财务管理审计的职能主要有评价的职能、指导的职能。

评价职能

所谓评价职能是指财务管理审计人员根据被审计单位的财务管理情况，结合公认的财务管理评价标准，对被审计单位的财务管理状况、水平及财务管理本身是否妥当作出评价。这是财务管理审计的基本职能。在评价时，应结合被审计单位财务管理人员、主要管理人员的素质，财务管理组织与管理系统的效率性、决策的正确性、财务制度的规范性等加以审查。在审查过程中，还应对被审计单位财务舞弊行为给予揭发。所谓评价职能，就是对被审计单位的财务管理是否正常、健康进行诊断并作出结论。

指导职能

所谓指导职能是指财务管理审计人员在审计工作中，根据被审计单位财务管理审计结论，对研发现的各种问题，向被审计单位提出建议和忠告，并指导被审计单位加以改进。财务管理审计人员可以凭借自己丰富的财务管理经验，指导被审计单位采用各种有效的方法，提高财务管理水平，使组织充满活力和生机。当然财务管理审计人员的主要任务是对被审计单位的财务管理情况作出评价，而不是去具体解决被审计单位财务管理申存在的各种问题。对被审计单位财务管理申存在的问题，只提供改进的建议，是否接受则由被审计单位自己决定。但提出合理的建议应当是审计人员的义务和责任，有效地发挥其指导职能，才能提高财务管理审计的社会意义。